El laboratorio de microscopía es una sala blanca de categoría ISO 8, cuyo propósito es estudiar meteoritos y muestras de retorno espacial.

Está equipado con un Microscopio ZEISS Axio Scope A1, totalmente automatizado para construir mosaicos de alta resolución de secciones delgadas y gruesas de materiales observados y permite trabajar en modo de luz reflejada y transmitida. El laboratorio también está equipado con lupas binoculares, calentadores paso a paso y básculas.